No período em que o Brasil foi colonizado, os portugueses verificaram a existência de uma grande variedade de recursos naturais na Amazônia que incluíam raízes, frutas e diversos tipos de plantas. Uma das formas com que os colonizadores aumentavam este conhecimento era o contato com os nativos da terra, que já faziam uso e sabiam do potencial culinário e curativo de vegetais, que ficaram conhecidos como “drogas do sertão”.
No início do século 16, a colonização das Américas ainda não era efetiva. Na Europa, havia uma imensa procura por especiarias que, até então, eram buscadas nas Índias. Os europeus utilizavam estes produtos para comer, temperar, fabricar manufaturas e até como remédios. A procura por estes recursos naturais era tão grande que os conquistadores ibéricos buscavam uma rota que ligasse o comércio das Índias à Europa.
Os portugueses, ao verificarem a presença destes produtos na Amazônia, acabaram encontrando uma solução para substituir as especiarias das Índias. As terras amazônicas apresentavam uma grande riqueza de recursos naturais. Pode-se considerar como drogas do sertão os seguintes produtos: gordura do peixe-boi, ovos de tartaruga, araras e papagaios vivos, jacarés, lontras, peles de felinos, castanhas, ervas com propriedades curativas, fibras, tinturas, baunilha, urucum, guaraná, cravo, cacau e outros condimentos.
O valor destas especiarias era tão grande que também estimulava atividades ilegais. Margaret Presser, no livro “Pequena Enciclopédia para Descobrir o Brasil”, explica esse processo: “O valor que tinham na Europa não era ignorado por traficantes e contrabandistas de várias origens. Desde o século XVI eles já chegavam à Amazônia pelo rio Amazonas e comercializavam com os indígenas. Foi para combatê-los, aliás, que as autoridades portuguesas mandaram construir o forte do Castelo e a cidade de Belém do Pará, em 1616, e o forte São José do Macapá, no Amapá, em 1764”.
Para a extração destes recursos, as missões de jesuítas utilizavam o conhecimento e o trabalho dos nativos. Entre todas as drogas encontradas na Amazônia, a mais importante foi o cacau, que chegou, até mesmo, a ser utilizado como moeda. A decadências do ciclo das drogas do sertão no país deu-se com a atitude de Sebastião de Carvalho e Melo, o Marquês de Pombal, em expulsar os jesuítas. Além disso, existiam muitas divergências entre os clérigos e os colonos. Apesar da diminuição da extração destes recursos, alguns continuaram a ser explorados, como a borracha, importante produto que ajudou na integração nacional. A cidade de Manaus acabou sendo um resultado indireto desta busca portuguesa pelos produtos nativos.
Antes da chegada dos portugueses, centenas de tribos indígenas viviam na Amazônia. Isso quer dizer que o processo de colonização da região não se deu em um grande vazio demográfico como muitos ainda imaginam até hoje. A ocupação nos primeiros séculos significou uma forma peculiar de colonização que longe de acrescentar novos contingentes humanos à área, sangrava-os ininterruptamente em suas populações indígenas. A ocupação, na perspectiva do colonizador, teve início a partir do século 17 e se limitou à parte litorânea da região conhecida como Nova Luzitânia, não se estendendo para o interior que praticamente não foi alvo da “ocupação” portuguesa.
A criação do que seriam depois as primeiras cidades da parte ocidental da Amazônia não ocorreu de forma autônoma ou dissociada, tampouco diferente do restante da região. O que ocorreu nesta parte da Amazônia de certo modo ocorreu em toda a região oriental e representou as determinações de Portugal enquanto estratégia de ampliação de novos mercados para os países europeus.
As primeiras tentativas de ocupação portuguesa do Amazonas ocorreram na segunda metade do século 17, quando dois missionários jesuítas entraram em contato com os índios Tarumãs, reunindo-os numa missão localizada possivelmente na foz do rio Tarumã. A missão foi abandonada em 1661, mas durante esse período serviu especialmente como ponto de apoio para os descimentos de índios, 600 no primeiro ano e mais 700 um ano depois. Foi esse aldeamento que deu origem a Manaus.
Em 1660, a Ordem das Mercês criou a missão Saracá (Silves), que não estava situado nas margens do rio Amazonas, mas sim um pouco mais para o interior, às margens do rio Urubu, que se constituiu no mais antigo povoamento contínuo dos portugueses no Amazonas. A mesma ordem religiosa criou a missão Santo Elias de Jaú, que mais tarde deu origem à cidade de Airão (atual Novo Airão), no baixo curso do rio Negro.
Em 1669, foi criada a primeira guarnição militar portuguesa no interior da Amazônia, o Forte de São José do Rio Negro, situado a dezoito milhas da foz do rio Negro que originou a cidade de Manaus. Esses povoamentos serviram de base à ocupação portuguesa, especialmente no vale do rio Negro, e para a exploração mais ao norte com a criação de uma missão no rio Branco pelos missionários carmelitas. Essas ocupações e mais o povoado Cabori, também no rio Negro, constituíam-se nas únicas formas de povoamento português no Amazonas ao final do século 17.
Na metade do século 18, durante o chamado período pombalino (1750-1777), Portugal adotou várias medidas que modificaram completamente o processo de colonização da Amazônia. A primeira preocupação expressa pelo Marquês de Pombal ao assumir o cargo de Ministro dos Negócios Estrangeiros foi impor uma nova mentalidade política sobre a região. A intenção do ministro era dar maior autoridade ao Estado português, impedindo, portanto, qualquer tipo de concorrência dentro das suas colônias.
Do rei Dom José I, o Marquês de Pombal recebeu completo apoio. Não demorou muito para que, finalmente, executasse um plano radical, quebrando privilégios dos religiosos e consolidando o monopólio do Estado. O primeiro passo, nesse sentido, foi nomear o amigo dom Francisco Xavier de Mendonça Furtado, como governador da Província do Grão-Pará e Maranhão, com sede transferida para Belém em 1751.
Em seguida, o Marquês de Pombal deu início a três importantes projetos que deveriam marcar o novo governo absolutista. Ele foi o principal fiador do Tratado de Madri, que fez com que Portugal enviasse para a região amazônica uma completa expedição técnica e científica, com finalidade de cumprir o acordo firmado com a Espanha em 1750.
O governador do Grão-Pará e Maranhão, dom Francisco Xavier de Mendonça Furtado, comandou as principais viagens ao interior, e contou com apoio de astrônomos, engenheiros e arquitetos, incluindo personalidades conhecidas internacionalmente como Antônio Landi, Gronsfeld e Galluzzi.
O projeto militar do Marquês de Pombal se consolidaria administrando com mão de ferro todas as fronteiras, ao norte e ao extremo oeste, e com o reaparelhamento de antigas fortalezas já existentes ao longo do rio Amazonas e de seus afluentes.
O projeto de ordem econômica ficou evidente através da criação da Companhia Geral do Comércio do Grão-Pará e Maranhão, que funcionou entre 1755 e 1778. A Companhia Geral estabeleceu o monopólio de comércio, exportando, com exclusividade, madeira, cacau e açúcar, e importando volumosa quantidade de escravos africanos.
O projeto de ordem social ficou mais claro com a assinatura do decreto de 1759, que colocou ponto final sobre a questão dos religiosos que trabalhavam na Amazônia. O novo governador do Grão-Pará e Maranhão, Bernardo Mello e Castro, seguiu rigorosamente todas as determinações do Marquês de Pombal. Expulsou, sem qualquer tipo de concessão, as principais ordens religiosas da região, deportando jesuítas, carmelitas e franciscanos.
Da mesma forma, o confisco de bens também ocorreu de forma radical. Todas as propriedades, incluindo fazendas, engenhos e igrejas, foram divididas pelo governador e distribuídas entre funcionários e autoridades portuguesas. O patrimônio dos religiosos, na ilha do Marajó, foi repartido entre vinte e dois contemplados, deixando para trás as marcas dos antigos aldeamentos.
Expulsando os missionários, o Marquês de Pombal instituiu, finalmente, outra forma de controle sobre as populações indígenas. Era o Diretório dos Índios. Essa nova legislação definia regras de participação dos índios na economia e na política do Estado. Imediatamente após a expulsão dos religiosos, os antigos aldeamentos foram transformados em vilas, deixando de possuir nomes indígenas para então lembrar cidades portuguesas (Monte Alegre, Alenquer, Santarém, Óbidos, Soure, Vigia, Serpa, Barcelos, dentre outras localidades). O Diretório seria respeitado em todos os cantos da Amazônia, já que todos os aldeamentos se transformaram em núcleos dependentes do governo português.
As mudanças previstas pelo Diretório iam mais longe, impondo novas condições de trabalho para o índio que deveria deixar parte de sua produção revertida para o Estado. As transações comerciais, desde então, aconteceriam utilizando obrigatoriamente a língua portuguesa, e não mais a língua nheengatu, falada em toda Amazônia. O radicalismo contra os jesuítas ganhava fôlego, também, no interior da própria Igreja Católica. Até mesmo uma bula, “Apostolicae Servitutus”, do Papa Bernardo XIV, acusava os jesuítas de usurpadores da liberdade dos índios.
A postura do Marquês de Pombal ao expulsar os missionários de várias Ordens, entre elas a Companhia de Jesus, expressou, portanto, uma insatisfação generalizada contra o trabalho de catequese, algumas vezes confundido como prática imperialista.