No ano de 1755, mesmo ano de criação da Companhia Geral do Grão-Pará e Maranhão, foi criada a Capitania de São José do Rio Negro. No período de cinco anos, que vai de 1755 a 1760, quarenta e seis missões foram elevadas à categoria de vilas em toda a Amazônia, das quais nove estavam na Capitania de São José do Rio Negro: Borba, criada em 1756, Barcelos, em 1758, Moura, em 1758 e Serpa, Silves, São Paulo de Olivença, Ega, São José do Javari e São Francisco Xavier de Tabatinga, em 1759. Além das vilas, havia ainda onze núcleos de povoamento. Ao término do período pombalino, a Capitania de São José do Rio Negro contava com 23 povoações e uma população não indígena da ordem de 1.476 habitantes.
Ao final do século 18, Portugal já tinha consolidado o seu domínio na Amazônia Ocidental, garantido a posse da região e praticamente definido os limites fronteiriços ao norte e a oeste existentes até hoje. A presença portuguesa era mais acentuada no vale do rio Negro e no Alto Solimões, incipiente no Baixo Amazonas e no Vale do Madeira e inexistente nos demais vales. A localização dos povoados demonstra à primeira vista uma estratégia militar de Portugal em ocupar e conquistar a região.
No caso da Amazônia Ocidental, a preocupação era especialmente com os espanhóis, em decorrência de não se ter estabelecido, até metade do século 18, a fronteira dos domínios da Espanha e dos de Portugal. Por causa disso eram comuns as incursões dos espanhóis a oeste pelo Solimões e ao norte através do rio Negro, onde também havia disputas com holandeses e ingleses.
Em 1750, o Tratado de Limites foi assinado entre Portugal e Espanha e estabelecia o princípio Uti possidetis iuris. Este é um princípio de direito internacional segundo o qual os países que de fato ocupam um território possuem direito de posse sobre este. Proveniente do direito romano, o termo foi utilizado historicamente para validar e, sobretudo, legitimar várias conquistas territoriais ao longo da História Universal.
No que se refere à Amazônia, garantia a Portugal todas as terras ocupadas do Rio Amazonas à margem direita a oeste do rio Javari e à esquerda também a oeste do rio Japurá, ficando as terras ao Norte das vertentes que drenarem para o Orinoco com a Espanha.
No Alto Solimões, os primeiros povoamentos não indígenas foram criados pelos espanhóis por volta de 1689, quando estabeleceram cinco missões religiosas sob responsabilidade dos jesuítas. Em 1710, após algumas tentativas, os portugueses destruíram as missões e se apoderaram das vilas e povoados, entregando-os aos cuidados dos carmelitas portugueses.
Em 1743, um viajante descreveu a situação no Solimões: “Coari é o último dos seis povoados dos missionários carmelitas portugueses, cinco dos quais formados a partir dos destroços da antiga missão do padre Samuel Fritz e compostos de um grande número de diversas nações, a maioria transplantado”.
A ocupação portuguesa da Amazônia nos séculos 17 e 18 não pode ser vista apenas como uma questão política para estabelecer o domínio espacial de um vasto território. Embutida na estratégia de defesa estava uma questão econômica motivada pelo mercantilismo português que colocava a Amazônia como uma alternativa para a reconstrução de “seu empório asiático”, perdido para outras nações européias.
As vilas criadas no século 18 estavam localizadas em pontos estratégicos às margens do rio Amazonas ou na foz de seus principais afluentes e tinham como funções, entre outras, a defesa da terra, cobrança e controle de tributos, entreposto comercial de produtos extrativos e agrícolas, base para o preamento de índios e sede do poder temporal, representação do Estado e do poder espiritual através das missões religiosas.
As vilas também representavam para os colonizadores espaços privilegiados de expansão de um projeto civilizatório com a imposição da língua portuguesa e restrições ao uso da língua geral (“nheengatu”), obrigatoriedade da frequência à escola e o incentivo ao casamento entre soldados e índias.
O casamento entre soldados e índias tinha como objetivo difundir a cultura dos brancos e era persuadido pelo Diretório e considerado pelos governantes como “utilíssimo para por este modo facilitar a civilização dos índios, sendo um dos meios mais importantes para o estabelecimento desta Capitania”.
Mas apesar do processo desigual de como se davam as relações, houve neste caso quase sempre um efeito contrário. “Os casamentos, que tanto persuadiu a lei de 4 de abril de 1775, têm sido pela maior parte pouco afortunados; porque em lugar de as índias tomarem os costumes de brancos, estes têm adotados os daquelas”, escreveu em seu diário o Ouvidor Sampaio, em 1866.